https://commonmark.thephpleague.com/2.4/extensions/heading-permalinks/ - делает все заголовками ссылками с якорями.
https://commonmark.thephpleague.com/2.4/extensions/table-of-contents/ - добавляет в начале документа оглавление по которому можно переходить.

В целом оно работает из коробки, но его нужно донастраивать так, чтобы оно подходило к нашей стилистике, не вылезало там, где не надо, например в комментариях. И здесь же стоит подумать как этим пользоваться другим системам, например генерить ссылки на главу документа из другого документа.

Выделено из tndt-9, как отдельная задача.