Спорный вопрос. Сейчас все стремятся к обратному, к аннотациям. И мы уже сделали на аннотациях. Но кажется, что для описания того, как сущность хранится, какие у неё индексы, логичнее все же делать именно отдельный конфиг в yml. С другой стороны стоит ли овчинка выделки. Здесь стоит об этом поразмыслить.