Это довольно непонятное поведение, он вроде бы и корреткно считается, но и сбрасывается гораздо чаще, чем рестартует контейнер.
Сейчас аптайм получается по
shell_exec('stat /proc/1')
И возможно, оно для этого способа и ожидаемо. php-fpm процесс в контейнере периодически перезагружается, но это не то, что мы хотим видеть в статистике на этой странице. Хочется время с последнего рестарта.