Это довольно непонятное поведение, он вроде бы и корреткно считается, но и сбрасывается гораздо чаще, чем рестартует контейнер.
Сейчас аптайм получается по
shell_exec('stat /proc/1')
И возможно, оно для этого способа и ожидаемо. php-fpm процесс в контейнере периодически перезагружается, но это не то, что мы хотим видеть в статистике на этой странице. Хочется время с последнего рестарта.
Вот вчера мы регулярно посматривали на страницу статистики и она не сбрасывалась. Так что думается дело не в способе, дело в том, что докер замораживает контейнеры, которые давно не использовались, и перезапускает когда к ним обращаются. Или линукс его замораживает, а потом пересоздает. Или сам php-fpm, периодически убивает свой хостовый процесс, и поднимает когда идет обращение.
В общем тут стоит подумать о выводе uptime хоста, а не контейнера.